A Ferencváros volt csapatkapitánya pályafutása során 2013-ban Ligakupát, 2015-ben és 16-ban Magyar Kupát, utóbbi két évben Szuperkupát is nyert a zöld-fehérekkel. Tavaly a bajnoki címet nyert Fradi tagja volt.

A rekordbajnok zöld-fehér csapaton kívül Magyarországon a Sopronban és a Lombard Pápa együttesénél is megforduló fedezet átesett a kötelező orvosi vizsgálaton, majd 2 és fél évre kötelezte el magát a Puskás Akadémiához. Gyömbér ferencvárosi pályafutása alatt 127 mérkőzésen nyolc gólt szerzett, emellett négy gólpassz fűződik a nevéhez. A védekező középpályás a magyar válogatott mezét egyszer húzta magára, 2013-ban, az észtek ellen.